ハードウェアとの関連が強い組込みシステムに対して、ミッションシステムは、オペレータとの関係でその振る舞い（機能･性能）が決められることから、より人間に近いところでミッションを支える機能が必要になってきます。
航空機でいえば、パイロットの操縦や機体のセンサデータに対応して、飛行制御、通信管制、ナビゲーション、フライトマネジメントといったさまざま機能が求められ、そこに用いられるデータ処理、アルゴリズムも多岐に亘ります。これらはバラバラに動くのではなく、システム全体を統合管制するため、センサデータを統合し、オペレータの状況把握･判断を支援する機能も必要で、そこではデータ統合、判断支援などの高度な処理も必要になってきます。さらに、これらシステムを機上或いは遠隔で管制するオペレータの操作性や視認性を確保するため、人間の持つ特性（人間工学）に関する知識も必要になります。
一方で、これら各機能間のインターフェース設計も重要です。従来は、専用の装置で構成しそれをデータバスで連接するのが一般的でしたが、計算機の性能向上とともに機能のソフトウェア化が進み、現在では多数のプロセッサ上に分散配置したタスクやスレッドが相互にデータを受け渡す形となりました。外部とのインターフェースは仮想化が進み、システムのアーキテクチャも階層化されています。これらに伴うオーバーヘッドも考慮しつつシステムの性能目標を達成することも重要な設計要素です。
さらに、これらのすべてを高い信頼性で設計するのは勿論のこと、たとえ故障が起きても重要な機能を喪失しない冗長設計、リカバリーや故障部分の切り離し、代替手段の提供なども忘れてはいけません。
私たちは、長年にわたり航空宇宙分野の難しいミッションを達成するシステム構築の知識と経験を培ってきました。今後、ますます自動化・無人化が進みシステムが複雑化する中で、私たちの技術が活かされる分野は、さらに広がってゆくと考えています。